Кишечная флора

Здравствуйте уважаемый доктор, ребёнку 1,4 года (родился доношенный, естественным путём), на искусственном вскармливании с 3 – х месяцев), в 3 месяца принимали антибиотики от простудной инфекции, также были часто запоры и колики до 6 – 7 месяцев, смена смеси не помогала, ставили клизму или трубочку, после введения прикорма ребёнок всё таки стал какать самостоятельно но уже больше чем пол года боремся с дисбактериозом, сейчас стул у ребёнка 1 раз в день, но не сформированный, густой консистенции, есть не переваренные кусочки, днём ребёнок весёлый, активный, апетит хороший, спит 2 часа днём хорошо, иногда капризничает но у нас ещё и зубы растут), вес 10.300 кг., только по ночам мучают газы, многие продукты не переносит такие как молоко, свежие фрукты и овощи очень редко и в очень маленьких количествах, много раз сдавали кал на дисбактериоз и каждый раз полезных бактерий становилось всё меньше и меньше, патогенную флору лечили фагами курсами по 10 дней плюс принимали ферменты но после того как пролечились патогенной флоры конечно не стало (сдавали анализ) но и хорошие бактерии не удавалось приживить, пили много пробиотиков (просто вагонами и бифидумбактерин и хилак форте и много других), а через несколько месяцев опять нарастала патогенная флора (клебсиелла и цитробак), а хорошей флоры становиться опять всё меньше и меньше. Вопрос, почему после лечения фагами не удаётся нарастить полезные бактерии которые должны бороться с условно патогенной флорой? Последний анализ опять выявил клебсиеллу 2,3 х 10 в 7 ст., цитробак 1,1 Х 10 в 5ст. стафилококк 2,3 х 10в5ст. , грибы кандиды 1,9 на 10 в 5ст. Со 150 мил. общего количество полезных бактерий за всё наше лечение мы скатились меньше чем на 5 мил. Бифидо и лакто бактерии 10 в 5 , эшерихии 10 в 6 , энтерококи 10 в 6, бактероидов - нет. Как же восстановит флору в кишечнике, является ли лечение фагами адекватным, если мы не знаем причины дисбактериоза, а лечим только патогенную флору при этом не улучшая состояние полезных бактерий, ведь дисбактериоз это следствие так в чём может быть причина? Возможно глисты и могут ли глисты быть причиной дисбактериоза? Или кислотность повышенная (и из-за этого хорошая флора не растёт)? Какая нужна диета? Помогите пожалуйста разобраться??? Спасибо!!!