Дисбактериоз кишечника?

Здравствуйте. Подскажите, пожалуйста, что делать? Опишу полную картину для ясности.
В декабре был цистит, вызванный киш палочкой, пролечила монуралом. После него мучило расстройство на протяжении недели,вылечила энтеролом,линексом и бифиформом. Стул нормализовался. Затем в посеве из влагалища нашли Энтерококки (7 ст) и эпидермальный стафилококк (5 ст). Назначали лечение без антибитиков - Лактофильтрум,Вобензим, свечи Бифидумбактериин,Вагинорм С и Индометацин сто. С началом вот этого лечения начали снова мучить расстройства, но не сильно. Стул был то нормальный, то кашицеообразный. И такое продолжается спустя 2 недели после окончания лечения. Раньше никогда проблем со стулом не было, а сейчас вот так. Питаюсь нормально, никакого острого, жареного, пью все время кефир, 2 недели пью бифидумабктериин, улучшений никаких. Болей в желудке нет, запоров как таковых тоже, хожу в туалет минимум раз в день, а то и больше, но стул нехороший.
Какие анализы сдать чтобы определить дисбактериоз это или нет? Можно ли лечить его препаратами Линекс, Бифиформ, Хилак форте? Я прочла состав, в них и палочка коли и энтерококки содержатся. А если у меня они как раз и обнаруживаются, значит я только еще больше их в организм накидаю? Подскажите, что делать. И обязательно ли если во влагалище рост этих бактерий, значит, что они и в кишечнике? Спасибо.